Nguyên nhân thứ nhất là tội phạm có tổ chức được hình thành một cách tự nhiên, ban đầu chỉ là một nhóm nhỏ chủ yếu là những người có quan hệ gần gũi với nhau. Tuy nhiên, do nhu cầu và hoàn cảnh xã hội mà nhóm đó phát triển, dần dần trở thành một nhóm tội phạm với các hoạt động phạm tội ban đầu chủ yếu chỉ để đáp ứng nhu cầu cần thiết của các thành viên. Nhưng sau một thời gian, bằng cách này hay cách khác mà nhóm gây được ảnh hưởng đến địa bàn mà mình hoạt động nên cần phải tổ chức chặt chẽ và tìm cách gây ảnh hưởng đến các cơ quan nhà nước ở đó, dần dẫn đến các hành vi phạm tội nhằm mục đích củng cố và mở rộng thế lực của mình.

Nguyên nhân thứ hai do các nhóm tội phạm có tổ chức thành lập với mục đích ban đầu không phải để phạm tội mà do một số cá nhân đã biến nhóm trở thành một tổ chức tội phạm. Hoặc do buộc phải tự vệ nên phải có những hành động để phản ứng lại. Do có sẵn ảnh hưởng cùng lực lượng mà các nhóm này dễ dàng tạo thế lực, có thể thống trị thế giới ngầm ở nơi đó thậm chí là cả một quốc gia hay một vùng lãnh thổ.

Nguyên nhân thứ ba bắt nguồn từ yếu tố chính trị, như các nhóm tội phạm dựa vào mâu thuẫn tôn giáo hay mâu thuẫn dân tộc để hoạt động, mục đích chính là chống lại các tổ chức, nhà nước bằng cách phá hoại an ninh ở nơi đó. Các nhóm tội phạm kiểu này có thể được sự giúp đỡ của các thế lực bên ngoài có cùng chung mục đích như chúng, họ mượn tay các nhóm tội phạm để làm rối loạn hay chống lại các tổ chức, nhà nước ảnh hưởng đến quyền lợi cho họ.